2006年1月28日，科技部、教育部和上海市政府成立专家调查组并开始工作。在其后两个多月的时间里，专家调查组针对举报人对“汉芯”事件的举报内容，采取与举报人、当事人和相关人员面谈、现场查验技术文档、分析对比有关技术资料、查验芯片演示系统和调阅相关音像资料等方式方法，对“汉芯”系列一至四号芯片的设计过程和性能指标等进行了全面调查与核实。

       据调查，陈进负责的汉芯团队所研制的“汉芯一号”，是一款208只管脚封装的数字信号处理器（DSP）芯片，由于其结构简单，不能单独实现指纹识别和MP3播放等复杂演示功能。为了在上海市举办的新闻发布会上能够达到所需的宣传效果，陈进等预先安排在“汉芯一号”演示系统中使用了印有“汉芯”标识、具有144只管脚的芯片，而不是提供鉴定的208只管脚的“汉芯一号”芯片，调查表明，当时汉芯公司并没有研制出任何144只管脚的芯片，存在造假欺骗行为。

       “汉芯二号”是受某公司委托定制的DSP软核，汉芯公司完成了设计实现，但核心技术不为其所有。“汉芯三号”是对“汉芯二号”的简单扩充，技术上与“汉芯二号”来源相同，由于缺乏必要的外围接口，不能独立实现复杂的应用，芯片实际情况与汉芯公司宣称的“已经达到国际高端的DSP设计水平”的说法不符，夸大了事实。“汉芯四号”是一款使用了其他公司中央处理器的单核系统芯片（SoC)，不包含汉芯DSP核，与汉芯公司向有关部委提交的项目文件中关于“汉芯四号”是双核芯片的陈述不符，存在夸大欺骗行为。